东京是日本创办的所国立，也是亚洲创办早的，公认为日本高学府，也是亚洲高学府。它的前身是明治时期创办的东京开成学校和东京医科学校。如果追溯得更远些，早是幕府时期设置的“兰学”“天文方”、昌平坂学问府、种痘所历经演变而来。明治维新初期，日本公布了“新学制令”，为向欧美学习打开门户，于 1877 年根据文部省指示将上述两校合并，定名为东京。当时已有一定规模，在校生有 500 余人，设有文学、法学、理学、医学 4 个学部，不久文部省兼管的东京法律学校并入该校，隶属法学部。

1886 年，明治为适应需要，培养具有主义思想的人，颁布了“帝国令”，东京改名为帝国，采用分科制，原来工务省管辖的工科，农务省管辖的东京农林学校和山林学校合并建成的农科，相继成为帝国的工科和农科，以前原有的几个学部分别改为法政、医科、文科、理科；并开始设置研究生院。成为一所名符其实的。

1887 年制定了“学位令”后，增设博士 和大博士学衔。其间，各帝国纷纷冠上本地名称，为示区别，帝国的名称前面添上“东京”二字，更深一层含义是使其成为各的样板。这时学校的体制也发生变动，为便于统一领导，分科制又改为学部制，法学部增设商学系， 10 年后该系而升格为经济学部，到战前的几十年间，东京帝国各方面都有长足发展，培养了几万名毕业生，毕业生中包括了不少领导级的人物。二次大战后，清除了军国主义教育的一套做法，调整了和不合理的制度，并去掉了“东京帝国”中的“帝国”二字，重新恢复了早东京的校名。改制后的东京又新设了基础学部、教育学部，把东京帝大时的附属医学专业部、高中、东京高中亦同时并入，原有学部中又分化出新的学部，一大批研究所和研究中心相继成立，今天，东京已成为具有 10 部， 11 个研究生院， 12 个研究所，数万师生员工的综合。 1986 年亚洲一些校长和行政管理人员投票评选 10 所时，东京作为亚洲代表入选，这是东京的荣耀，也充分证实了它的学术水平。